1.法律依據(jù)不同
（1）軟件的著作權(quán)保護(hù)依據(jù)《著作權(quán)法》、《計算機(jī)軟件保護(hù)條例》；
（2）軟件的專利保護(hù)依據(jù)《專利法》，具體審查標(biāo)準(zhǔn)參見國家知識產(chǎn)權(quán)局專利《審查指南》第二部分第九章“涉及計算機(jī)程序的發(fā)明專利申請若干問題”。
2.申請方式不同
（1）軟件版權(quán)代碼寫完就自然受到保護(hù)，不需要經(jīng)過審核，提交材料符合規(guī)范就可以獲得；
（2）軟件專利需要經(jīng)過形式審查和實際審查，要滿足新穎性、創(chuàng)造性、實用性等諸多要求，才能夠受到保護(hù)。
3.簡易程度不同
（1）軟件著作權(quán)獲權(quán)簡單，維權(quán)簡單，保護(hù)力度弱，產(chǎn)生的效益通常是收取授權(quán)費(fèi)用；
（2）軟件專利獲權(quán)困難，維權(quán)復(fù)雜，保護(hù)力度強(qiáng)，產(chǎn)生的效益不僅可以打擊競爭對手，還隱性地促進(jìn)企業(yè)內(nèi)技術(shù)的研發(fā)。